分布式系统与网络软件
主要研究内容：机群操作系统及在分布并行计算和服务器群方面的应用；网格计算；网络安全；因特网技术及在IP电话、VPN、电子商务/政务等方面的应用。
研究成果：完成国家科技攻关项目5项，863项目3项，国家自然科学基金项目6项，国家教委博士点基金项目2项，吉林省自然科学基金项目3项以及若干工业界委托项目。在研项目有国家自然科学基金重大项目1项，国家自然科学基金面上项目1项，吉林省杰出青年项目1项以及国际合作项目1项。专著9部，在国内外知名刊物上发表论文100多篇。获省部级科技进步奖8次, 包括原电子部特等奖1次、原国家教委二等奖1次和三等奖3次，吉林省二等奖1次，吉林省三等奖2次.机群操作系统的研究处于国内领先、国际先进水平，因特网研究处于国内先进水平。
信息安全
是国内最早进行PKI技术研究和开发的单位之一，在PKI技术方面的研究工作居国内领先行列。
主要研究内容：基于加密技术和黑客技术的信息与网络安全的研究；基于公共密钥和专用密钥的加密技术。
主要成果：先后承担国家、省部级项目20余项，发表学术文章50余篇。根据中国电子商务协会的统计数据，吉林大学研制的“数字证书认证系统SRQ05”目前在国内占有率已经达到70%以上。承建的“福建省数字证书认证系统暨SRQ05电子证书认证系统”获得国家密码科技进步一等奖。
计算机支持协同工作技术
主要研究内容：协同计算技术，协同通信技术，软件协同技术，软件编程方法，软件构件技术，建模技术，软件可靠性分析和优化，计算机 网络与通信，网络安全与管理，分布式计算，计算机军事仿真技术，嵌入式技术，飞秒激光控制技术，虚拟现实技术等方面的研究。
主要成果：承担和完成了国家级项目 21 项（包括 863 重点、国家支撑、国家科技攻关、自然基金面上等项目），省部级项目 20 项，国防项目 45 项，国际合作项目 2 项，企业联合项目 20 多项。近几年在权威期刊和国际学术会议发表论文 160 多篇，其中 SCI 、 EI 、 ISTP 收录 131 篇，撰写教材和专著 7 部。申报发明专利 10 项，其中已授权发明专利 5 项，获得软件著作权 12 项，获部级科技进步一等奖 4 项、二等奖 3 项、三等奖 1 项，长春市科技进步二等奖 1 项，培养博士后、博士研究生和硕士研究生 230 名以上。
通信软件与协议工程
主要研究内容：围绕国家优先支持下一代网络关键技术与服务的主题，从事计算机网络与通信的研究和应用开发，主要包括：移动通信及其业务关键技术研究；物联网关键技术研究与示范；移动感知网络、社交网络与机会网络；下一代无线移动通信服务平台和关键产品开发；云计算与大数据处理技术；以计算机与光学技术相融合的全视技术为核心的真实立体显示技术等。
主要成果：承担国家及省市发展计划项目，包括国家自然科学基金重点项目及面上项目，教育部博士点基金，国家863项目，工信部、省发改委、省科技厅、市科技局重大重点专项等科技发展项目。此外，还承担企业有关网络领域课题多项。累计完成科研经费近千万元。获省科技进步三等奖4项，省级教学成果奖一等奖、二等奖、省级教学软件一等奖和吉大教学成果奖一等奖各一项。在CCF推荐的著名国际期刊及国际学术会上发表论文20余篇，发表SCI、EI、ISTP检索论文100余篇。拥有授权发明专利、实用新型等10余个，著书2部。