计算机科学技术研究所
1983年，教育部批准在原吉林大学计算机科学系建立人工智能实验室。在王湘浩院士建议下，人工智能实验室更名为计算机科学研究所，1986年，经教育部批准，正式成立了计算机科学研究所。之后，国家科技部信息中心对吉林大学计算机科学研究所重新进行了确认。合校后，经学校批准更名为计算机科学技术研究所。
计算机科学计算机研究所现包括“”、“”、“”和“吉林大学富来格计算机工程技术公司”。研究所以生物信息、模式识别和智能软件研发为主要研究方向，由富来格公司负责对科研成果进行推广和产业化，并提供对外技术服务。
研究所的总体目标是：
面向国际科学前沿，结合国家发展战略与吉林省发展战略要求，紧紧围绕生物信息学、模式识别和智能软件等领域的问题，积极开展计算机理论与应用研究、国际合作项目研究、以及面向企事业单位需求的应用技术问题交叉研究。为推动计算机学科的国际交流与合作，促进生物信息学、模式识别、智能软件的理论与应用研究，为促进东北地区经济发展发挥应有的作用。
研究所的主要在以下几个方面开展工作：
应用基础研究：跟踪计算机科学技术学科发展前沿课题，开展原创性创新与集成性成果创新研究。
产品技术服务：面向市场和企事业重大需求，开展技术合作，从事新产品开发与技术服务。
技术人才培养：为研究生，特别是博士生、青年教师提供良好的科研 环境，为地方经济建设服务
智能工程研究室
21世纪是生命科学和信息科学迅速发展的时代。以人类基因组计划为序幕的生物信息学研究，是全面认识生命及其发展过程的重要途径,它将从根本上改变生命科学和生物产业的思维方式和研究体系，成为新世纪国际竞争的关键环节和国家实力的重要体现。与美国和欧洲等发达国家相比，我国的生物信息技术研究起步较晚，但发展速度很快。目前已经在一些大学和国家研究所建立了生物信息中心或生物信息实验室等研究机构。
在生物信息学研究方面，“计算智能教研室”与“智能工程研究室”的部分教师，已经带领博士生和硕士生在生物信息技术以及相关领域开展了一系列学科交叉研究，在生物信息数据处理、生物信息学中的相关算法研究和基因序列结构功能预测等方面积累了一定的研究成果。目前已经获得国家和省部级科研项目各1项：国家自然科学基金重点项目“生物信息学中的相关组合理论和算法研究”（批准号60433020，经费180万元，执行时间：2005年1月至2008年12月）；吉林省科技发展计划项目“基于进化算法蛋白质结构和功能预测的研究”（编号20020608，经费6万元，执行时间：2003年至2005年）。吉林大学计算机科学与技术学院已经在2004年承办了一次由国家自然科学基金委员会资助的面向全国研究生的“计算生物学”龙星计划课程，将于2005年7月在长春主办“生物信息学国际研讨会”、并再次承办“生物信息学计算方法”龙星计划课程。
研究室主要研究方向是：基于计算智能技术的微机电系统建模研究；时间序列预测与组合优化设计；基于计算智能技术的超声电机控制研究；基于软计算新技术的蛋白质三级结构预测研究；基于计算智能新技术的基因调控网络研究；生物计算相关理论算法研究，包括并行计算、网格计算、组合算法等研究，开发研制生物信息学支持软件系统；基因表达生物芯片分析研究、包括基因表达生物数据挖掘等工作；计算机辅助药物设计与分析研究，包括药物成份分析、新药设计等应用研究。
研究室的目标是：在以上研究方向的基础上，建成省部共建的“生物信息工程技术研究中心”。
模式识别技术研究中心
模式识别方向组成员由计算机、计算数学、应用数学、电子学、医学和力学的科技人员组成，是一个充满活力和具有团队精神的交叉学科研究队伍。自1997年以来，项目组成员在基于生物特征身份认证领域作了大量的前瞻性基础研究工作，在国内外学术刊物上发表了学术论文100多篇，承担完成了多项国家级和省部级科研项目。
经过几年的跨学科合作研究，本方向已积累了丰富的经验，了解并掌握了国际上相应的前沿动态，取得了一定的研究成果，在国内外模式识别领域发挥重要的作用。所承担完成的科研项目，通过和企业实行产学研合作开发，在基于生物特征身份认证领域所开发的产品已推广应用，并取得了显著的经济效益和社会效益，项目组成员近年来在人脸识别、手写体识别、数字水印、指纹识别、识别模型算法、图形图象处理以及模式识别方面发表的论文。
中心的主要研究方向是：人像识别、手写签名识别系统、虹膜识别、 指纹识别、数字水印。
中心的目标是：研究人像识别、手写签名识别系统、虹膜识别、指纹识别、数字水印理论、技术、应用与产品。
吉林大学智能软件研发中心
中心承担纵向项目40多项，其中国家863和国家基金项目20项。发表论文约200篇，被EI、SCI、ISTP收录60余篇，出版知识工程专著2部。获国家科技进步三等奖，省部级科技进步一等奖2项、二等奖3项、三等奖2项，长春市科技进步一等奖1项。
1995至2005年，在十多个国家项目支持下，以推进农业信息化建设直接服务三农为目标，以农业专家系统为切入点，取得了智能信息技术在农业领域应用的突破。
在基础研究基础上，针对农业问题复杂多变和经验性强等特点，创造性地解决了大型农业ES开发中一系列技术难题，包括软件工程与知识工程融合，ES技术标准、规范，多种针对农业的知识表示与推理，ES、GIS、GPS与STR结合，多ES协作，CBR与ES结合、ES与规划算法结合技术等，研制了由单机版、网络版ES开发平台，组件式GIS，规划工具包，网上信息发布、远程知识库维护、知识获取求精、界面生成和构件管理等工具组成的可定制、组合、协作和管理的构件化通用农业专家系统集成开发环境。利用该环境，将智能化信息技术与农业技术有机融合，开发了二十多个农业实用ES，并持续进行了大规模推广应用，产生了重大经济社会效益，先后获吉林省科技进步一、二等奖各1项、长春市科技进步一等奖1项。
知识工程、ES、不确定性处理，DAI、MAS与移动Agent系统，空间推理等研究居国内领先行列。
中心主要研究方向是：知识工程、专家系统ES，分布式人工智能DAI、多Agent系统MAS与移动Agent系统，时空表示与推理，粗糙集、格机与数据挖掘等。
中心的目标是：加快计算机应用学科的建设；开发富含高新技术、高应用价值、可转化成商品软件的智能化软件成果；将软件成果转化成软件产品；积极探索官、产、学、研相结合之路，不断研制、开发出具有良好市场前景的、富含高新技术的智能软件，以应用研究为基础，建立、健全科技成果转化机制，积极为吉林省经济建设服务。
中心的发展将对吉林大学计算机学科的建设，高级计算机人才的培养与稳定，重大应用研究成果的争取，特别是对吉林省软件产业的形成、发展作出重要贡献。